Dopo l'invasione normanna lasciò la vita monastica trasferendosi in Scozia divenendo uno studioso itinerante. Si trasferì infine nell'abbazia di Molesme in Borgogna, sotto l'abate San Roberto di Molesme .
Stephen Harding fu una delle figure più significative dei primi decenni della storia cistercense viaggò in Francia a Parigi per completare gli studi, e a Roma in un pellegrinaggio penitenziale accompagnato da un giovane chierico, prima di rientrare nella vita monastica a Molesme, per poi partire con i fondatori del Nuovo Monastero di Citeaux. Dal 1108 al 1133, periodo della prima espansione cistercense, prestò servizio come abate e, secondo alcuni, il genio formativo dietro l'Ordine cistercense.
Di ritorno da Roma, verso l'Inghilterra, si fermarono nell'abbazia di Molesme in Borgogna, dove fecero la conoscenza dell'abate benedettino Roberto di Molesme che tentava di riformare lo spirito cluniacense, considerato ormai poco vicino all'ispirazione dello spirito monastico benedettino.
Egli aveva fondato in un clima di particolare austerità proprio a Molesme nel 1075 il monastero: fu questa una caratteristica che attirò l'interesse del giovane Stefano, che decise di fermarsi.
Con il tempo la prosperità economica e le numerose filiazioni dell'abbazia di Molesme allontanarono l'abate Roberto, e altri monaci tra cui Stefano, inducendoli a lasciare Molesme per fondare un nuovo monastero, più vicino ai principi che si erano persi.
Nel 1098, una volta ottenuta l'approvazione dell'arcivescovo di Lione Ugo, Roberto, Alberico e Stefano Harding fondarono un nuovo monastero a Citeaux. Era stato fatto loro dono di un terreno ad opera del visconte Rinaldo di Beaume, si pensa fosse un parente dello stesso Roberto, e aiuti materiali anche da parte del duca di Borgogna, Eudes.
A seguito della partenza del famoso abate Roberto dal monastero di Molesme ci fù in tutta la regione molto scalpore e disonore all'abbazia. Per questo motivo i monaci di Molesme si rivolsero direttamente al papa Urbano II chiedendogli che ordinasse a Roberto di tornare a Molesme come abate.
Nel 1099 Roberto, lasciò Citeaux per tornare definitivamente a Molesme. Gli successe come abate a Citeaux Alberico, che guidò la congrega fino alla sua morte, avvenuta nel 1109. Alla sua morte fu eletto abate Stefano Harding. Fu proprio quest'ultimo che portò una fase di cambiamento al nuovo monastero attraverso la famosa Charta Caritatis, quello che rappresenta uno degli statuti dell'ordine cistercense.
La Cartha Caritatis stabiliva i rapporti tra i diversi monasteri: case-madri e le rispettive filiazioni; tutti gli abati dovevano riunirsi una volta l'anno a Citeaux.
Stefano segui la riforma dei libri liturgici, con la revisione del Graduario, dell'Antifonario e degli Inni. Fu lui che impose la tunica bianca ai nuovi monaci: il segno tangibile della particolare devozione alla Madonna e forse, in antitesi al colore scuro dei benedettini cluniacensi.
Con lui continuò il clima di austerità che era stata una delle caratteristiche originarie data da Roberto di Molesme. Mantenne l'obbligo per i monaci di sostentarsi anche con il loro lavoro manuale e gli edifici del monastero e la chiesa dovevano conservare e testimoniare questo spirito di austerità.
Durante la sua guida, dal 1109 al 1133, ebbe luogo l'ingresso a Citeaux di Bernardo che oltre a portare con sé molti parenti ed amici, diede luogo alla fondazione di un nuovo monastero a Clairvaux
L'opera di San Bernardo diede un impulso decisivo e grandioso al nuovo ordine cistercense, facendolo divenire in breve il più grande ordine monastico del tempo.
Nel 1115 Stefano inviò gli statuti e gli usi del nuovo ordine ad un gruppo di monache che erano a Jully-les-Nonnains, presso Digione, dando inizio al ramo femminile dell'ordine cistercense.
S occupò di stilare la prima storia dell'ordine nello scritto dal titolo Exordium Cisterciensis Coenobii.
Ebbe importante impegni nel rimediare ai contrasti che si verificarono tra le diverse filiazioni. Esausto e infermo si dimise dalla carica di abate nel 1133.
Morì il 28 marzo 1134 a Citeaux, dove fu sepolto nella chiesa abbaziale, accanto al suo predecessore Alberico. Le due tombe furono poi spostate quando si costruì una nuova chiesa.
Alla sua morte l'ordine contava settanta monasteri diffusi in tutta Europa.
MARTIROLOGIO ROMANO. A Cîteaux in Borgogna, nell’odierna Francia, santo Stefano Harding, abate: giunto da Molesme insieme ad altri monaci, resse questo celebre cenobio, istituendovi i fratelli laici e accogliendo in esso il famoso Bernardo con trenta suoi compagni; fondò dodici monasteri, che vincolò tra loro con la Carta della Carità, affinché non esistesse tra i monaci discordia alcuna e tutti vivessero sotto il medesimo dettame della carità, sotto la stessa regola e secondo consuetudini simili.
